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【2016年】
■論文■
  • Hiroaki Ohno, Daiki Minamiguchi, Shinya Nakamura, Keito Shu, Shiho Okazaki, Maho Honda, Ryosuke Misu, Hirotomo Moriwaki, Shinsuke Nakanishi, Shinya Oishi, Takayoshi Kinoshita, Isao Nakanishi, and Nobutaka Fujii. Structure-activity relationship study of 4-(thiazol-5-yl)benzoic acid derivatives as potent protein kinase CK2 inhibitors. Bioorg. Med. Chem., 2016, 24, 1136-1141.
■総説■
  • Hiromasa Kaneko , Shinya Nakamura, Norihito Kawashita. Practical Use of Compound-target Inteeraction in Cemistry and Drug Discovery ~A Chemoinformatics Approach~. Yakugaku Zasshi. 2016, 136, 95-95
  • 中村真也、相同性の高いタンパク質に結合する同一化合物の結合様式差の要因検討、日本化学会情報化学部会誌、2016, 34, 17-20
■学会発表(国内)■
  • 小山篤, 松尾一彦, 西脇敬二, 義江修,中山隆志「抗原特異的免疫応答の誘導におけるケモカイン受容体CCR4の役割ならびにCCR4阻害剤のアジュバント活性評価」日本薬学会第136年会、2016.3.27、横浜.
  • 大内秀一, 松野純男, 和田哲幸, 仲西功, 前川智弘, 多賀惇, 伊藤栄次,大鳥徹, 川ア直人, 西田升三「基礎薬学分野の知識定着を志向した参加型学修システム構築の試み」日本薬学会第136年会、2016.3.27、横浜.

【2015年】
■論文■
  • Isao Nakanishi, Katsumi Murata, Naoya Nagata, Masakuni Kurono, Takayoshi Kinoshita, Misato Yasue, Takako Miyazaki, Yoshinori Takei, Shinya Nakamura, Atsushi Sakurai, Nobuko Iwamoto, Keiji Nishiwaki, Tetsuko Nakaniwa, Yusuke Sekiguchi, Akira Hirasawa, Gozoh Tsujimoto, and Kazuo Kitaura. Identification of Protein Kinase CK2 Inhibitors using Solvent Dipole Ordering Virtual Screening. Eur. J. Med. Chem., 2015, 96, 396-404.
■総説■
  • Norihito Kawashita, Hiroyuki Yamasaki, Tomoyuki Miyao, Kentaro Kawai, Yoshitake Sakae, Takeshi Ishikawa, Kenichi Mori, Shinya Nakamura, and Hiromasa Kaneko. A Mini-review on Chemoinformatics Approaches for Drug Discovery. J. Comput. Aided Chem. 2015, 16, 15-29.
■シンポジウム主催■
  • 創薬・化学研究における化合物・相互作用情報の活用 〜ケモインフォマティクスからの試み〜(一般シンポジウムS66); 金子 弘昌、中村 真也、川下 理日人 ; 日本薬学会第135年会、2015.3.28、神戸.
■学会発表(国内)■
  • 本田 真歩、宮垣 潤、吉光 佑二、岩田 顕、大槻 和裕、丸山 透、中村 真也、仲西 功、大石 真也、大野 浩章、藤井 信孝、「クロスメタセシス反応を利用したスフィンゴシンキナーゼ阻害剤の創製研究」、日本薬学会第135年会、2015.3.28、神戸.
  • 露口 正人、平澤 明、仲庭 哲津子、櫻井 淳史、仲西 功、木下 誉富、「CK2サブタイプ間で異なるhemateinの阻害作用メカニズムの解明」、第15回日本タンパク質科学会年会、2015.6.24-26、徳島.
  • 露口 正人、平澤 明、仲庭 哲津子、櫻井 淳史、仲西 功、木下 誉富、「Structural basis for producing CK2α1-specific inhibitors: Crystal structures of hematein with CK2α1 and CK2α2」、第43回構造活性相関シンポジウム、2015.9.27-29、新潟.
  • 露口 正人、平澤 明、仲庭 哲津子、櫻井 淳史、仲西 功、木下 誉富、「CK2 サブタイプ間で異なる四環性化合物の阻害作用機序の解明」、日本結晶学会平成27年度年会、2015.10.17-18、大阪.
  • 中村真也「相同性の高いタンパク質に対する同一化合物の結様式差の要因検討」、第三回ケモインフォマティクス若手の会、2015.10.7、東京.

【2014年】
■論文■
  • Tomoki Takeuchi, Shinya Oishi, Masato Kaneda, Hiroaki Ohno, Shinya Nakamura, Isao Nakanishi, Masayoshi Yamane, Jun-ichi Sawada, Akira Asai, and Nobutaka Fujii. Kinesin spindle protein inhibitors with diaryl amine scaffolds: Crystal packing analysis for improved aqueous solubility. ACS Med. Chem. Lett. 2014, 5, 566-571.
  • Kengo Miyamoto, Fumihiro Ishikawa, Shinya Nakamura, Yutaka Hayashi, Isao Nakanishi, and Hideaki Kakeya A 7-dimethylallyl tryptophan synthase from a fungal Neosartorya sp.: Biochemical characterization and structural insight into the regioselective prenylation. Bioorg. Med. Chem., 2014, 22, 2517-2528.
  • Tomoki Takeuchi, Shinya Oishi, Masato Kaneda, Ryosuke Misu, Hiroaki Ohno, Jun-ichi Sawada, Akira Asai, Shinya Nakamura, Isao Nakanishi, and Nobutaka Fujii. Optimization of diaryl amine derivatives as kinesin spindle protein inhibitors. Bioorg. Med. Chem., 2014, 22, 3171-3179.
  • Dmitri G. Fedorov, Naoya Asada, Isao Nakanishi, and Kazuo Kitaura. The use of many-body expansions and geometry optimizations in fragment-based methods. Acc. Chem. Res., 2014, 47, 2846-2856.
■学会発表(国内)■
  • 中村 真也、大村 梨恵、仲西 功、「がん免疫療法のためのCOMBINE法を用いた高親和性ペプチド予測」、日本薬学会第134年会、2014.3.28、熊本.
  • 大東 可苗、西脇 敬二、中村 真也、村田 和也、松田 秀秋、仲西 功、「XO阻害活性を有するHydroxychavicolの結合様式推定と高活性化合物の探索」、日本薬学会第134年会、2013.3.29、熊本.
  • 櫻井 淳史、中村 真也、仲庭 哲津子、関口 雄介、曽我部 祐里、木下誉富、仲西 功、「タンパク質調整過程で結合したヒトCK2αリガンドのエントロピーを考慮した推定」、日本薬学会第134年会、2014.3.29、熊本.
  • 森川 敏生、木内 恵里、赤木 淳二、二宮 清文、田邉 元三、仲西 功、中村 真也、吉川 雅之、村岡 修、「α-グルコシダーゼ阻害活性物質salacinolおよびその誘導体の血糖値上昇抑制活性」、日本生薬学会第61回年会、2014.9.13-14、福岡.
  • 中村 真也、「天然物サラシアを起源とするαグルコシダーゼ阻害薬創出への計算化学的アプローチ」、第23回創薬情報研究会、2014.10.1、京都.(invited)
  • Atsushi Sakurai, Shinya Nakamura, Seiya Taniguchi, Naoya Nagata, Masakuni Kurono, Katsumi Murata, Kazuo Kitaura, Akira Hirasawa, Gozoh Tsujimoto, Isao Nakanishi. Binding mode analysis of protein kinase CK2 inhibitors with a purine scaffold. CBI Annual Meeting 2014, 2014.10.28-30. Tokyo.
  • 森川 敏生、赤木 淳二、二宮 清文、木内 恵理、田邉 元三、仲西 功、中村 真也、吉川 雅之、村岡 修、「サラシア属植物含有α-グルコシダーゼ阻害活性成分salacinolおよびその類縁体の食後過血糖改善作用」、第20回 天然薬物の開発と応用シンポジウム、2014.11.5-6、東京.
  • 田邉 元三、松田 侑也、筒井 望、森川 敏生、赤木 淳二、二宮 清文、仲西 功、中村 真也、吉川 雅之、村岡 修、「アーユルベーダ天然薬物“サラシア”由来salacinolをシードとするα-グルコシダーゼ阻害剤のin silico設計, 合成及びin vitro評価」、第20回 天然薬物の開発と応用シンポジウム、2014.11.5-6、東京.
  • 本田 真歩、宮垣 潤、吉光 佑二、岩田 顕、大槻 和裕、丸山 透、中村 真也、仲西 功、大石 真也、大野 浩章、藤井 信孝、「スフィンゴシンキナーゼ阻害活性を有するJaspine B誘導体の構造活性相関研究」、第32回メディシナルケミストリーシンポジウム、2014.11.26-28、神戸.
  • 大東 可苗、西脇 敬二、中村 真也、出口 貴浩、村田 和也、松田 秀秋、仲西 功、「構造活性相関解析に基づくXO阻害剤Hydroxychavicolの結合様式推定」、第32回メディシナルケミストリーシンポジウム、2014.11.26-28、神戸.
  • 中西 伸介、岡田 裕規、森脇 寛智、西脇 敬二、中村 真也、木下 誉富、大石 真也、大野 浩章、藤井 信孝、仲西 功、「結合自由エネルギーを指標としたProtein kinase CK2阻害剤のデザインと構造活性相関」、第37回情報化学討論会、2014.11.27-28、豊橋.
  • 仲西 功、「アカデミアシーズからのin silicoドラッグデザイン研究」、第356回CBI学会研究講演会、2014.12.2、大阪.(invited)
■学会発表(国際)■
  • Takayoshi Kinoshita, Yusuke Sekiguchi, Tetsuko Nakaniwa, Yuri Sogabe, Mai Tanaka, Atsushi Sakurai, Shinya Nakamura, Isao Nakanishi. Species-dependent variation in the structure of CK2α-apigenin complex. 23rd Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography, 2014.8.5-12, Montreal (Canada).
  • Shinya Nakamura, Genzoh Tanabe, Osamu Muraoka, Isao Nakanishi. Computer-aided design of novel alpha-glucosidase inhibitors based on salacinol derived from Salacia reticulate of Ayurvetic traditional medicine. International Symposium on Medicinal Chemistry 2014, 2014.9.7-11, Lisbon (Portugal).
  • Isao Nakanishi, Katsumi Murata, Naoya Nagata, Masakuni Kurono, Takayoshi Kinoshita, Misato Yasue, Takako Miyazaki, Yoshinori Takei, Akira Hirasawa, Gozoh Tsujimoto. Identification of protein kinase CK2 inhibitors by the solvent ordering virtual screening method. International Symposium on Medicinal Chemistry 2014, 2014.9.7-11, Lisbon (Portugal).
  • Keiji Nishiwaki, Kanae Ohigashi, Shinya Nakamura, Kazuya Murata, Hideaki Matsuda, Isao Nakanishi. Binding pose prediction of Xantine oxidase inhibitor hydroxychavicol and drug design of its analogues. International Symposium on Medicinal Chemistry 2014, 2014.9.7-11, Lisbon (Portugal).
  • Kouichi Matsumoto, Hayato Shimazaki, Yu Miyamoto, Kazuaki Shimada, Fumi Haga, Yuki Yamada, Hirotsugu Miyazawa, Keiji Nishiwaki, Shigenori Kashimura. Simple and convenient synthesis of esters from carboxylic acids and alkyl halides using tetrabutylammonium fluoride. International Symposium on Medicinal Chemistry 2014, 2014.9.7-11, Lisbon (Portugal).

【2013年】
■論文■
  • Takayoshi Kinoshita, Tetsuko Nakaniwa, Yusuke Sekiguchi, Yuri Sogabe, Atsushi Sakurai, Shinya Nakamura, and Isao Nakanishi. Crystal structure of human CK2α at 1.06 Å resolution J. Synchrotron Rad., 2013, 20, 974-979.
  • Zengye Hou, Shinya Oishi, Yamato Suzuki, Tatsuhide Kure, Isao Nakanishi, Akira Hirasawa, Gozoh Tsujimoto, Hiroaki Ohno and Nobutaka Fujii. Diversity-oriented synthesis of pyrazolo[4,3-b]indoles by gold-catalysed three-component annulation: application to the development of a new class of CK2. Org. Biomol. Chem., 2013, 11, 3288-3296.
■学会発表(国内)■
  • 田邉 元三、國方 雄介、中村 真也、筒井 望、赤木 淳二、森川 敏生、二宮 清文、吉川 雅之、仲西 功、村岡 修、「Salacinol をシードとするスルホニウム塩型α-グルコシダーゼ阻害剤のin silico 設計、合成及び評価:3'位アルキル化の効果」、日本薬学会第133年会、2013.3.29、横浜.
  • 中村 真也、高平 和典、田邉 元三、村岡 修、仲西 功、「ヒトα-グルコシダーゼ触媒ドメイン群と阻害剤の横断的構造活性相関」、日本薬学会第133年会、2013.3.29、横浜.
  • 島田 和子、中村 真也、高平 和典、田邉 元三、村岡 修、仲西 功、「ヒトとラットにおけるα-グルコシダーゼ阻害剤アカルボースの酵素阻害活性の種差の検討」、日本薬学会第133年会、2013.3.29、横浜.
  • 西脇敬二、川瀬篤史、和田哲幸、八木秀樹、川ア直人、伊藤栄次、岩城正宏、「分野横断型講義におけるTBLについて」、日本薬学会第133年会(教育フォーラム)、2013.3.29、横浜.
  • 中村 真也、「サラシノール由来新規α-グルコシダーゼ阻害剤創出のためのMOEを用いたドラッグデザイン」、MOEフォーラム2013、2013.7.10、東京. (invited)
  • 中村 真也、「サラシア属植物由来化合物を起源とする計算化学による高活性化合物探索研究」、第6回サラシア属植物シンポジウム、2013.9.18、東京.
  • 田邉 元三、中村 真也、國方 雄介、筒井 望、赤木 淳二、森川 敏生、二宮 清文、仲西 功、吉川 雅之、村岡 修、「α-グルコシダーゼ阻害剤, Salacinolの構造活性相関研究―トルイル酸型置換基による3’位疎水化の効果―」、日本薬学会近畿支部大会、2013.10.12、京都.
  • 関口 雄介、仲庭 哲津子、曽我部 祐里、田中 麻衣、島田 和子、中村 真也、仲西 功、木下 誉富、「CK2αキナーゼ−フラボノイド化合物の結合様式における種差」、日本結晶学会年会、2013.10.12-13、熊本.
  • 大野 浩章、鈴木 大和、侯 増Y、呉 竜英、仲西 功、平澤 明、大石 真也、藤井 信孝、「金触媒を用いた三成分環化反応によるジヒドロピラゾールの合成とCK2阻害剤開発への応用」、複素環化学討論会、2013.10.17-19、岐阜.
  • 田邉 元三、中村 真也、筒井 望、赤木 淳二、森川 敏生、二宮 清文、仲西 功、吉川 雅之、村岡 修、「α-Glucosidase 阻害剤, Salacinol の構造活性相関研究:3’ 位脂溶性化が活性に及ぼす効果」、第5回食品薬学シンポジウム、2013.11.1-2、京都.
  • 櫻井 淳史、中村 真也、仲庭 哲津子、関口 雄介、曽我部 祐里、木下 誉富、仲西 功、「タンパク質調整過程で結合したヒトCK2αリガンドの推定」、第41回構造活性相関シンポジウム、2013.11.7、兵庫.
  • 永田 尚也、村田 克美、仲西 功、北浦 和夫、「SDOVS: A Solvent Dipole Ordering-based Method for Virtual Screening」、第41回構造活性相関シンポジウム、2013.11.8、兵庫.
  • 中村 真也、高平 和典、島田 和子、田邉 元三、村岡 修、仲西 功、「サラシノールを基点とする新規α-グルコシダーゼ阻害剤の構造活性相関および創出研究」、第41回構造活性相関シンポジウム、2013.11.8、兵庫.
  • 中村 真也、「がんペプチドワクチン療法のための高親和性ペプチド予測の試み」、2013年日本化学会中国四国支部大会、2013.11.16-17、広島.
  • 島田 和子、中村 真也、田邉 元三、村岡 修、仲西 功、「α-グルコシダーゼ阻害剤の酵素阻害活性におけるヒトとラットの種差の計算化学的解析」、第31回メディシナルケミストリーシンポジウム、2013.11.20-22、広島.
  • 田邉 元三、中村 真也、筒井 望、赤木 淳二、森川 敏生、二宮 清文、仲西 功、吉川 雅之、村岡 修、「α-グルコシダーゼ阻害剤, Salacinolの構造活性相関研究 ―トルイル酸型置換基による3’位疎水化の効果―」、第31回メディシナルケミストリーシンポジウム、2013.11.20-22、広島.
  • 永田 尚也、古屋 和行、小黒 奈央、河合 健太郎、山本 紀子、根地嶋 宏昌、大藪 有紀、薩川 正広、仲西 功、井口 潔、宮川 基則、「骨粗鬆症治療薬を目指した選択的アンドロゲン受容体調節剤 (SARM) の創薬研究」、第31回メディシナルケミストリーシンポジウム、2013.11.20-22、広島.
  • 竹内 智起、大石 真也、金田 雅仁、大野 浩章、中村 真也、仲西 功、山根 正敏、澤田 潤一、浅井 章良、藤井 信孝、「連続縮環型分子の修飾による KSP 阻害剤の溶解性」、第31回メディシナルケミストリーシンポジウム、2013.11.20-22、広島.
■学会発表(国際)■
  • Takayoshi Kinoshita, Tetsuko Nakaniwa, Yusuke Sekiguchi, Yuri Sogabe, Atsushi Sakurai, and Isao Nakanishi. Crystal structure of human CK2α at 1.04 A resolution. 4th International Symposium on Diffraction Structural Biology, 2013.5.26-29, Nagoya (Japan).
  • Takayoshi Kinoshita, Yusuke Sekiguchi, Tetsuko Nakaniwa, Yuri Sogabe, Mai Tanaka, Kazuko Shimada, Shinya Nakamura, and Isao Nakanishi. Structural insight into human CK2α with a flavonoid inhibitor. The 12th Conference of the Asian Crystallographic Association, 2013.12.7-10, Hkust (Hong Kong).

【2012年】
■論文■
  • Zengye Hou, Isao Nakanishi, Takayoshi Kinoshita, Yoshinori Takei, Misato Yasue, Ryosuke Misu, Yamato Suzuki, Shinya Nakamura, Tatsuhide Kure, Hiroaki Ohno, Katsumi Murata, Kazuo Kitaura, Akira Hirasawa, Gozoh Tsujimoto, Shinya Oishi, Nobutaka Fujii. Structure-based design of novel potent protein kinase CK2 (CK2) inhibitors with phenyl-azole scaffolds. J. Med. Chem., 2012, 55, 2899-2903.
  • Yamato Suzuki, Shinya Oishi, Yoshinori Takei, Misato Yasue, Ryosuke Misu, Saori Naoe, Zengye Hou, Tatsuhide Kure, Isao Nakanishi, Hiroaki Ohno, Akira Hirasawa, Gozoh Tsujimoto, Nobutaka Fujii. Design and synthesis of a novel class of CK2 inhibitors: application of copper- and gold-catalysed cascade reactions for fused nitrogen heterocycles. Org. Biomol. Chem., 2012, 10, 4907-4915.
  • Genzoh Tanabe, Shinya Nakamura, Nozomi Tsutsui, Gorre Balakishan, Weijia Xie, Satoshi Tsuchiya, Junji Akaki, Toshio Morikawa, Kiyofumi Ninomiya, Isao Nakanishi, Masayuki Yoshikawa, Osamu Muraoka. In silico design, synthesis and evaluation of 3'-O-benzylated analogs of salacinol, a potent a-glucosidase inhibitor isolated from an Ayurvedic traditional medicine 'Salacia'. Chem. Commun., 2012, 48, 8646-8648.
  • Naoya Nagata, Kentaro Kawai, Isao Nakanishi. Subtle structural changes in tetrahydroquinolines, a new class of nonsteroidal selective androgen receptor modulators, induce different functions. J. Chem. Inf. Model., 2012, 52, 2257-2264.
  • Shinya Nakamura, Kazunori Takahira, Genzoh Tanabe, Osamu Muraoka, Isao Nakanishi. Homology Modeling of Human alpha-glucosidase catalytic domains and SAR study of salacinol derivatives. Open J. Med. Chem., 2012, 2, 50-60.
  • Genzoh Tanabe, Kanjyun Matsuoka, Masahiro Yoshinaga, Weijia Xie, Nozomi Tsutsui, Mumen F.A. Amer, Shinya Nakamura, Isao Nakanishi, Xiaoming Wu, Masayuki Yoshikawa, Osamu Muraoka. Role of the side chain stereochemistry in the α-glucosidase inhibitory activity of kotalanol, a potent natural α-glucosidase inhibitor, Part 2. Bioorg. Med. Chem., 2012, 20, 6321-6334.
  • Naoya Asada, Dmitri G. Fedorov, Kazuo Kitaura, Isao Nakanishi, Kenneth M. Merz, Jr. An Efficient Method to Evaluate Intermolecular Interaction Energies in Large Systems Using Overlapping Multicenter ONIOM and the Fragment Molecular Orbital Method. J. Phys. Chem. Lett., 2012, 3, 2604-2610.
■学会発表(国内)■
  • 永田 尚也、村田 克美、仲西 功、北浦 和夫、「SDO情報を用いた新規なバーチャルスクリーニング法の開発」、日本薬学会第132年会、2012.3.30、北海道.
  • 呉 竜英、中村 真也、仲西 功、「Phenylpyrazole誘導体の互変異性体の溶媒中における存在比率の予測」、日本薬学会第132年会、2012.3.30、北海道.
  • 田邉 元三、土屋 聡史、筒井 望、峯松 敏江、赤木 淳二、中村 真也、仲西 功、吉川 雅之、村岡 修、「α-Glucosidase阻害剤salacinolの構造活性相関:3' 位ベンジル化の効果」、日本薬学会第132年会、2012.3.30、北海道.
  • 侯 増カ、大石 真也、武井 義則、安江 美里、三須 良介、鈴木 大和、村田 克美、北浦 和夫、平澤 明、辻本 豪三、大野 浩章、藤井 信孝、仲西 功、中村 真也、呉 竜英、木下 誉富、「アザインドール骨格またはフェニルアゾール骨格を有する新規プロテインキナーゼCK2阻害剤の開発研究」、第10回次世代を担う有機化学シンポジウム、2012.5.11-12、大阪.
  • 呉竜英、櫻井淳史、西脇敬二、中村真也、仲西功、「溶媒中における3(5)-Amino-5(3)-arylpyrazole誘導体の互変異性体存在比率の予測」、第10回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム 京都、2012.8.6-7、京都.
  • 島田和子、西脇敬二、中村真也、仲西功、「ラット小腸由来α-グルコシダーゼのホモロジーモデリングとkotalanolとの複合体構造予測」、第10回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム 京都、2012.8.6-7、京都.
  • 侯 増Y、大石 真也、武井 義則、安江 美里、三須 良介、鈴木 大和、村田 克美、北浦 和夫、平澤 明、辻本 豪三、大野 浩章、仲西 功、中村 真也、呉 竜英、木下 誉富、藤井 信孝、「フェニルアゾール骨格を有する新規プロテインキナーゼCK2阻害剤の開発」、第42回複素環化学討論会、2012.10.11-13、京都.
  • 田邉 元三、中村 真也、國方 雄介、土屋 聡史、吉長 正絋、筒井 望、赤木 淳二、森川 敏生、二宮 清文、仲西 功、吉川 雅之、村岡 修、「Salacinol をシードとするスルホニウム塩型α-グルコシダーゼ阻害剤のin silico 設計、合成及び評価」、第62回日本薬学会近畿支部大会、2012.10.20、兵庫.
  • 中西 伸介、森脇 寛智、中村 真也、西脇 敬二、仲西 功、「分子シミュレーションを用いたProtein Kinase CK2 阻害剤の活性予測」、第62回日本薬学会近畿支部大会、2012.10.20、兵庫.
  • 呉 竜英, 侯 増Y, 木下 誉富, 武井 義則, 安江 美里, 三須 良介, 鈴木 大和, 中村 真也, 大野 浩章, 村田 克美, 北浦 和夫, 平澤 明, 大石 真也, 藤井 信孝, 仲西 功、「非経験的フラグメント分子軌道法を活用した高活性Protein Kinase CK2 阻害剤の設計」、第40回構造活性相関シンポジウム、2012.11.29-30、岡崎.
  • 直江 紗織、鈴木 大和、大石 真也、武井 義則、安江 美里、三須 良介、候 増Y、呉 竜英、仲西 功、大野 浩章、平澤 明、藤井 信孝、「縮環型含窒素複素環の多様性指向型合成法を利用した新規CK2 阻害剤の設計と合成」、第30回メディシナルケミストリーシンポジウム、2012.11.28-30、東京.
  • 田邉 元三,中村 真也,筒井 望,赤木 淳二,森川 敏生,二宮 清文,仲西 功, 吉川 雅之, 村岡 修、「Salacinol をシードとする新規α- グルコシダーゼ阻害剤の in silico 設計, 合成および評価」、第30回メディシナルケミストリーシンポジウム、2012.11.28-30、東京.
■学会発表(国際)■
  • Naoya Nagata, Katsumi Murata, Isao Nakanishi and Kazuo Kitaura. SDOVS: A solvent dipole ordering-based method for virtual screening. 22nd International Medicinal Chemistry Symposium 2012, 2012.9.2-6, Berlin (Germany).
  • Tatsuhide Kure, Shinya Nakamura, Masayuki Kanemitsu, Katsumi Murata, Kazuo Kitaura, Takayoshi Kinoshita, Zengye Hou, Yamato Suzuki, Hiroaki Ohno, Shinya Oishi, Nobutaka Fujii, Yoshinori Takei, Misato Yasue, Ryosuke Misu, Akira Hirasawa, Gozoh Tsujimoto and Isao Nakanishi. Binding energy estimation of CK2 inhibitors by the ab initio-based fragment molecular orbital method. 22nd International Medicinal Chemistry Symposium 2012, 2012.9.2-6, Berlin (Germany).
  • Keiji Nishiwaki, Mika Kuriyama, Koji Nakao, Hiroshi Inakura, Takashi Masuko and Keizo Matsuo. Cytotoxicity of 1-Aryl-3,3-dialkyltriazenes which are expected to possess chelating ability. 22nd International Medicinal Chemistry Symposium 2012, 2012.9.2-6, Berlin (Germany).
■特許出願■
  • PCT国際特許出願:出願番号PCT/JP2012/055451、出願日:平成24年3月2日、名称:キナーゼ阻害剤

【2011年】
■論文■
  • Takayoshi Kinoshita, Yusuke Sekiguchi, Harumi Fukada, Tetsuko Nakaniwa, Toshiji Tada, Shinya Nakamura, Kazuo Kitaura, Hiroaki Ohno, Yamato Suzuki, Akira Hirasawa, Isao Nakanishi, Gozoh Tsujimoto. A deteiled thermodynamic profile of cyclopentyl and isopropyl derivatives binding to CK2 kinase. Mol. Cell. Biochem., 2011, 356, 97-105.
■学会発表(国内)■
  • 中村 真也(invited)、「COMBINE解析法の応用とその可能性」、2010年度第2回CACフォーラムセミナー、2011.03、東京
  • 永松和彦,中村真也,木下誉富,平澤明,辻本豪三,仲西功、「CK2阻害剤Hemateinの結合様式の予測」、日本薬学会第131会年会、2011.03、静岡
  • 高平和典,中村真也,村岡修,仲西功、「マルターゼーグルコアミラーゼのC末端側触媒ドメインにおけるコタラノールの結合様式の予測」、日本薬学会第131会年会、2011.03、静岡
  • 中尾佳人,中村真也,仲西功、「分子力場計算におけるCl-π相互作用パラメータの作成と分子動力学計算による検証」、日本薬学会第131会年会、2011.03、静岡
  • 安江 美里、劉 寧、武井 義則、侯 増力、鈴木 大和、大野 浩明、仲西 功、木下 誉富、村田 克美、北浦 和夫、平澤 明、辻本 豪三、「糸球体腎炎におけるCK2α特異的阻害効果の検討」、日本薬学会第131会年会、2011.03、静岡
  • 呉竜英、中村真也、宮野菜央、多田俊治、多賀淳、仲西功、「Srcファミリーキナーゼ特異的阻害剤SU-6656の選択性に関する計算化学的考察」、第9回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム、2011.09、神奈川
  • 田邉元三、土屋聡史、筒井望、赤木淳二、中村真也、仲西功、吉川雅之、村岡修「α-Glucosidase 阻害剤salacinolの3'位疎水化の活性に及ぼす効果」、第61回日本薬学会近畿支部総会・大会、2011.10、神戸
  • 永松和彦、中村真也、木下誉富、平澤明、辻本豪三、仲西功、「MM/PBSA法によるCK2阻害剤ヘマテインの結合様式の探索」、第34回情報化学討論会、2011.11、長崎
  • 中尾佳人、中村真也、仲西功、「FEP/TI法によるリガンド間のタンパク質結合自由エネルギー差の評価」、第34回情報化学討論会、2011.11、長崎
  • 宮野菜央、呉竜英、中村真也、中井良子、桐井康行、木下誉富、仲西功、多田俊治、「LynおよびLckキナーゼの阻害剤との相互作用解析」、日本結晶学会年会、2011.11、北海道
■学会発表(国際)■
  • Genzoh Tanabe, Nozomi Tsutsui, Masahiro Oka, Balakishan Gorre, Weijia Xie, Shinya Nakamura, Isao Nakanishi, Masayuki Yoshikawa, Osamu Muraoka. Biological Evaluation of 3'-O-Alkylated Analogs of Salacinol, the Role of Hydrophobic Alkyl Group at 3' Position in the Side Chain on the α-Glucosidase Inhibitory Activity. 8th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium (AIMECS11), 2011.11, Tokyo (Japan).
  • Kazunori Takahira, Shinya Nakamura, Genzo Tanabe, Osamu Muraoka, and Isao Nakanishi. Binding mode prediction of salacinol derivatives with hydrophoibic substituents as as alpha-glucosidase inhibitors. 8th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium (AIMECS11), 2011.11, Tokyo (Japan).
■特許出願■
  • 出願番号:特願2011-048325、出願日:平成23年3月4日、名称:キナーゼ阻害剤

【2010年】
■論文■
  • Katsumi Murata, Naoya Nagata, Isao Nakanishi, Kazuo Kitaura. Ligand Shape Emerges in Solvent Dipole Ordering Region at Ligand Binding Site of Protein. J. Comput. Chem., 2010, 31, 791-796.
  • Katsumi Murata, Naoya Nagata, Isao Nakanishi, Kazuo Kitaura. SDOVS: A Solvent Dipole Ordering-Based Method for Virtual Screening. J. Comput. Chem., 2010, 31, 2714-2722.
  • Shinya Nakamura, Kazunori Takahira, Genzoh Tanabe, Toshio Morikawa, Mika Sakano, Kiyofumi Ninomiya, Masayuki Yoshikawa, Osamu Muraoka, Isao Nakanishi. Docking and SAR studies of salacinol derivatives as &alpha-glucosidase inhibitors. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2010, 20, 4420-4423.
■総説■
  • 井上 豪、松村 浩由、安達 宏昭、森 勇介、高野 和文、村上 聡、福西 快文、中村 春木、木下 誉富、仲西 功、奥野 恭史、南方 聖司、三上 義明、佐久間 俊広、北島 正人、福岡 良忠、高田 俊和、坂田 恒昭、「創薬バリューチェインのインシリコ技術を活用した阻害剤開発の試み」、日本結晶学会誌、2010、52、89-94.
■学会発表(国内)■
  • 中村 真也、仲西 功、「MOEによるフラグメント分子軌道計算支援環境の開発」、日本コンピュータ化学会2010秋季年会、2010.10.22、新潟.
  • 仲西 功、「サラシア属植物有効成分のドッキングスタディと構造活性相関」、第3回サラシア属植物シンポジウム、2010.8.20、東京.
  • 中村 真也(invited)、「MOEを用いたGAMESS/FMO解析支援ツールの開発」、MOEフォーラム2010、2010.7.7、東京.
  • 仲西 功(invited)、「分子シミュレーションと構造活性相関」、構造活性フォーラム2010、2010.6.18、京都.
  • 高平 和典、中村 真也、田邉 元三、村岡 修、仲西 功、「salacia 属植物有効成分のα-グルコシダーゼ結合様式の推定」、日本薬学会第130年会、2010.3.29、岡山.
  • 中村 真也、金光 政幸、仲庭 哲津子、木下 誉富、深田 はるみ、北浦 和夫、大野 浩章、鈴木 大和、平澤 明、辻本 豪三、仲西 功、「CK2阻害剤結合時の熱力学的プロファイル差に関する計算化学的考察」、日本薬学会第130年会、2010.3.29、岡山.
■学会発表(国際)■
  • Shinya Nakamura, Kazunori Takahira, Genzo Tanabe, Toshio Morikawa, Mika Sakano, Kiyofumi Ninomiya, Masayuki Yoshikawa, Osamu Muraoka, and Isao Nakanishi. Binding mode prediction and analysis for salacinol derivatives as alpha-glucosidase inhibitors. 18th European QSAR symposium 2010, 2010.9.19-24, Rhodes (Greece).
■著書■
  • 仲西功(分担執筆)、「わかりやすい物理化学 第2版」中村和郎編(第6章)、廣川書店、2010.9.

【2009年】
■論文■
  • Tetsuko Nakaniwa, Takayoshi Kinoshita, Yusuke Sekiguchi, Toshiji Tada, Isao Nakanishi, Kazuo Kitaura, Yamato Suzuki, Hiroaki Ohno, Akira Hirasawa and Gozoh Tsujimoto. Structure of human protein kinase CK2α with a potent indazole-derivative inhibitor. Acta Cryst., 2009, F65, 75-79.
  • Katsumi Murata, Dmitri G. Fedorov, Isao Nakanishi and Kazuo Kitaura. Cluster hydration model for binding energy calculations of protein-ligand complexes. J. Phys. Chem. B, 2009, 113, 809-817.
  • Takahiro Kosugi, Isao Nakanishi, and Kazuo Kitaura. Binding free energy calculations of adenosine deaminase inhibitor and the effect of methyl substitution in inhibitors. J. Chem. Inf. Model., 2009, 49, 618-622.
  • Yusuke Sekiguchi, Tetsuko Nakaniwa, Takayoshi Kinoshita, Isao Nakanishi, Kazuo Kitaura, Akira Hirasawa, Gozoh Tsujimoto, and Toshiji Tada. Structural insight into human CK2α in complex with the potent inhibitor ellagic acid. Bioorg. Med. Chem. Lett., 2009, 19, 2920-2923.
  • Yumi N. Imai, Yoshihisa Inoue, Isao Nakanishi, and Kazuo Kitaura. Cl-π interactions in protein-ligand complexes. QSAR Comb.Sci., 2009, 8, 869-873.
  • Yumi N. Imai, Yoshihisa Inoue, Isao Nakanishi, and Kazuo Kitaura. Amide-π interactions between formamide and benzene, J. Comput. Chem., 2009, 30, 2267-2276.
■総説■
  • Isao Nakanishi, Dmitri G. Fedorov and Kazuo Kitaua. Detailed electronic structure studies revealing the nature of protein-ligand binding. In: Dmitri G. Fedorov and Kazuo Kitaua, editors. The fragment molecular orbital method. Practical applications to large molecular systems. CRC Press; 2009, 171-192.
■学会発表(国内)■
  • 井上 雄貴、中村 真也、北浦 和夫、仲西 功、「フラグメントMO 法による構造最適化に対する電子相関の影響」、日本薬学会第129年会、2009.3、京都
  • 浅田 直也、仲西 功、北浦 和夫、「FMO 法によるカゼインキナーゼ2の分子認識機構解析」、日本薬学会第129年会、2009.3、京都.
  • 宮崎 貴子、村田 克美、仲西 功、仲庭 哲津子、木下 誉富、北浦 和夫、平澤 明、辻本 豪三、「カゼインキナーゼII アイソザイム選択的阻害化合物スクリーニング系の構築」、日本薬学会第129年会、2009.3、京都.
  • 村田 克美、Dmitri Fedorov、仲西 功、北浦 和夫、「Cluster Hydration Modelによる蛋白質の部分脱水和エネルギーの解析」、日本薬学会第129年会、2009.3、京都.
  • 関口 雄介、木下 誉富、仲庭 哲津子、仲西 功、村田 克美、北浦 和夫、宮崎 貴子、平澤 明、辻本 豪三、多田 俊治、「新規腎炎治療薬創出へのX 線結晶構造解析:CK2αアイソフォーム間の1アミノ酸残基の差を狙った選択性獲得への挑戦」、第9回日本蛋白質科学会年会、2009.5.21、熊本.
  • 木下 誉富、多田 俊治、仲西 功、「単結晶中で観測されたアデノシンデアミナーゼの構造変化」、第9回日本蛋白質科学会年会、2009.5.21、熊本.
  • 仲西 功、「サラシア属植物有効成分のin silico解析」、第2回サラシア属植物シンポジウム、2009.8.25、大阪.
  • 中村 真也,平 和典,仲西 功、「新規αグルコシダーゼ阻害剤探索へ向けたsalacinolの結合様式推定」、第59回日本薬学会近畿支部大会、2009.10.24、大阪.
■学会発表(国際)■
  • Yusuke Sekiguchi, Harumi Fukada, Tetsuko Nakaniwa, Takayoshi Kinoshita, Shinya Nakamura, Isao Nakanishi, Kazuo Kitaura, Hiroaki Ohno, Yamato Suzuki, Akira Hirasawa, Gozoh Tsujimoto, and Toshiji Tada. An approach for producing a CK2alpha inhibitor using X-ray, calculation and ITC. 25th European Crystallographic Meeting, 2009.8.16-21, Istanbul (Turkey).
  • Takayoshi Kinoshita, Toshiji Tada, and Isao Nakanishi. Conformational change of adenosine deaminase during ligand-exchange in crystal state. 25th European Crystallographic Meeting, 2009.8.16-21, Istanbul (Turkey).
■著書■
  • 仲西功(分担執筆)、「コンピュータで薬を創ろう」創薬バリューチェイン編著(第5章)、化学同人、2009.6.

【2008年】
■論文■
  • Imai N.Y., Inoue Y., Nakanishi I., Kitaura K., Cl-π interactions in protein-ligand complexes. Protein Science, 17, 1129-1137. (2008).
  • Kinoshita T., Tada T., Nakanishi I, Conformational change of adenosine deaminase during ligand-exchange in a crystal. Biochem. Bioph. Res. Co., 373, 53-57.(2008)
■総説■
  • 井上豪、安達宏昭、村上聡、高野和文、松村浩由、森勇介、福西快文、中村春木、木下誉富、仲西功、奥野恭史、南方聖司、下条真司、坂田恒昭、「膜タンパク質の結晶化技術の新展開及び創薬バリューチェインの紹介」、Yakugaku Zasshi, 2008, 128(4), 497-505.
■学会発表(国内)■
  • Asada N., Nakanishi I., Kitaura K. Theoretical study of geometry and molecular recognition mechanism of Casein Kinase 2α (CK2α) with the FMO-MP2 method. 第38回構造活性相関シンポジウム、2008.11、神戸.(SAR Promotion Award受賞)
  • Sekiguchi Y., Fukada H., Nakaniwa T., Kinoshita T., Nakamura S., Nakanishi I., Kitaura K., Ohno H., Suzuki Y., Hirasawa A., Tsujimoto G., Tada T. An approach for producing a potent CK2α inhibitor using X-ray and calorimetry analyses. 第38回構造活性相関シンポジウム、2008.11、神戸.(ポスター賞受賞)
■学会発表(国際)■
  • Nakaniwa T., Sekiguchi Y., Kinoshita T., Nakanishi I., Kitaura K., Hirasawa A., Tsujimoto G., Tada T. Structure of the catalytic subunit of human protein kinase CK2alpha prime with a potent inhibitor. IUCr2008, 2008.8, Osaka (Japan).
  • Sekiguchi Y., Nakaniwa T., Kinoshita T., Nakanishi I., Kitaura K., Hirasawa A., Tsujimoto G., Tada T. Crystal structure of human CK2 alpha in complex with ellagic acid. IUCr2008, 2008.8, Osaka (Japan).
  • Nakanishi I.(invited). Quantum chemical calculation of protein-ligand calculation. XXth EFMC-ISMC, 2008.9, Vienna (Austria).
  • Asada N., Nakanishi I., Kitaura K., Analysis of interactions between Casein Kinase 2α (CK2α) and its ligand using Fragment Molecular Orbital method. European QSAR symposium 2008, 2008.9, Uppsara (Sweden).
  • Imai N.Y, Inoue Y., Nakanishi I., Kitaura K., Cl-π interactions in protein-ligand complexes. European QSAR symposium 2008, 2008.9, Uppsara (Sweden).
  • Nakamura S., Kitaura K., Nakanishi I., Docking-pose prediction by receptor-based tailor-made scoring function. 8th China-Japan symposium on drug design and development, 2008.11, Kobe (Japan).
■著書■
  • 仲西功(分担執筆)、「インシリコ創薬化学−ゲノム情報から創薬へ−」藤井信孝編(第4章及び第5章)、京都廣川書店、2008.


<創薬分子設計学研究室発足以前の主な成果>

【2007年】
■論文■
  • Nakanishi I., Fedorov D. G., Kitaura K., Molecular recognition mechanism of FK506 binding protein: An all electron fragment molecular orbital study. Proteins, 68: 145-158 (2007).
■著書■
  • 仲西功,ブルーバックス「新しい薬をどう創るか 創薬研究の最前線」京都大学大学院薬学研究科編,講談社,pp. 109-142 (2007).

【2006年】
■論文■
  • Nakamura S., Nakanishi I., Kitaura K., Binding affinity prediction of non-peptide inhibitors of HIV-1 protease using COMBINE model introduced from peptide inhibitors. Bioorg. Med. Chem. Lett., 16: 6334-6337 (2006).
  • Kuno M., Seki N., Tsujimoto S., Nakanishi I., Kinoshita T., Nakamura K., Terasaka T., Nishio N., Sato A., Fujii T., Anti-inflamatory activity of non-nucleoside adenosine deaminase inhibitor FR234938. Eur. J. Pharmacol., 534: 241-549 (2006).
  • 仲西功,「京都大学大学院薬学研究科「医薬品理論設計学講座」の概要」,MEDCHEM NEWS, 16(3), 6-9 (2006).
  • 中村真也,「第7回薬物の分子設計と開発に関する日中合同シンポジウム」, SAR News, 10, 18-19 (2006).

【2005年】
■論文■
  • Kinoshita T., Nakanishi I., Terasaka T., Kuno M., Seki N., Warizaya M., Matsuura H., Inoue T., Takano K., Adachi H., Mori Y., Fujii T., Structural basis of compound recognition by adenosine deaminase. Biochemistry, 44:10562-10569 (2005).
  • Terasaka T., Tsuji K., Kato T., Nakanishi I., Kinoshita T., Kato Y., Kuno M., Inoue T., Tanaka K., Nakamura K., Tational design of non-nucleoside, potent, and orally bioavailable adenosine deaminase inhibitors: predicting enzyme conformational change and metabolism. J. Med. Chem., 48: 4570-4573 (2005).

【2004年】
■論文■
  • Terasaka T., Kinoshita T., Kuno M., Seki N., Tanaka K. Nakanishi I., Structure-based design, synthesis, and structure-activity relationship studies of novel non-nucleoside adenosine deaminase inhibitors. J. Med. Chem., 47: 3730-3743 (2004).
  • Terasaka T., Okumura H., Tsuji K., Kato T., Nakanishi I., Kinoshita T., Kato Y., Kuno M., Seki N., Naoe Y., Inoue T., Tanaka K. Nakamura K., Structure-based design and synthesis of non-nucleoside, potent, and orally bioavailable adenosine deaminase inhibitors. J. Med. Chem., 47: 2728-2731 (2004).
  • Terasaka T., Kinoshita T., Kuno M., Nakanishi I., A highly potent non-nucleoside adenosine deaminase inhibitor: efficient drug discovery by intentional lead hybridization. J. Am. Chem. Soc., 126: 34-35 (2004)
  • Kinoshita T., Nakanishi I., Warizaya M., Iwashita A., Kido Y., Hattori K., Fujii T., Inhibitor-induced structural change of the active site of human poly(ADP-ribose) polymerase. FEBS Lett., 556: 43-46 (2004)

【2003年】
■論文■
  • Terasaka T., Nakanishi I., Nakamura K., Eikyu Y., Kinoshita T., Nishio N., Sato A., Kuno M., Seki N., Sakane K., Structure-based de novo design of non-nucleoside adenosine deaminase inhibitors. Bioorg. Med. Chem. Lett., 13: 1115-1118 (2003)
  • Kinoshita T., Nishio N., Nakanishi I., Sato A., Fujii T., Structure of bovine adenosine deaminase complexed with 6-hydroxy-1,6 dihydropurine riboside., Acta Cryst. D, 59: 299-303 (2003)
  • Kinoshita T., Nakanishi I., Sato A., Tada T., True interaction mode of porcine pancreatic elastase with FR136706, a potent peptidyl inhibitor. Boorg. Med. Chem. Lett., 13: 21-24 (2003)
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